Bioinformatics Algorithms Database 收录典型生物信息学问题、算法、工具、实验室与文献，提供 REST API 与 Vue 前端，支持统计、列表与详情浏览。
- 创建虚拟环境
python -m venv .venv
source .venv/bin/activate # Windows: .\.venv\Scripts\activate- 安装依赖
pip install -r requirements.txtrequirements.txt 内容：
flask
flask-restful
flask-sqlalchemy
flask-marshmallow
marshmallow-sqlalchemy
PyMySQL
flask-jwt-extended
flask-cors
werkzeug
bcrypt
cryptography
- 环境变量
export DATABASE_URL="mysql+pymysql://<user>:<pass>@localhost:3306/bioalgodb?charset=utf8mb4"
export JWT_SECRET_KEY="<random-secret>"
export FLASK_APP=app.py- 初始化数据库
- 导入脚本：
mysql -u<user> -p<pass> bioalgodb < db/init.sql（建表 + 种子数据） - 或使用 Docker Compose，在空数据卷首启时自动执行
db/init.sql。
- 运行后端
flask run # 或 python app.py- 安装依赖
npm install- 开发模式
npm run dev- 生产构建
npm run build如需指定后端地址，设置 VITE_API_BASE_URL；默认使用相对路径 /api 通过 Nginx 反向代理。
GET /api/health健康检查GET /api/stats统计与按问题分类的算法数量GET /api/problems问题列表GET /api/algorithms?q=&problem_id=算法列表/搜索GET /api/algorithms/<id>算法详情（含工具、文献、问题名）GET /api/tools、GET /api/labs工具与实验室列表- 认证：
POST /api/auth/register注册；POST /api/auth/login登录返回 JWT - 管理员（需 Authorization: Bearer ）：
POST/PUT/DELETE /api/algorithms、/api/tools、/api/labs
- 主键唯一，非键属性仅依赖主键，无部分依赖；
- 无传递依赖，属性不依赖其他非键属性（如 paper 的 doi/journal 仅依赖 paper.id；tool 元数据仅依赖 tool.id）；
- 多对多关系使用连接表复合主键（algorithm_paper、tool_paper），避免冗余与异常。
因此各关系满足第三范式（3NF）。
docker-compose.yml 启动 MySQL + backend(gunicorn) + nginx(服务 dist)，一键起全栈。
步骤：
- 构建前端产物（Nginx 静态服务）
npm install # 首次需要
npm run build # 生成 dist/- 启动所有容器
docker compose up -d- 首次且数据卷为空时，会自动导入
db/init.sql（建表+种子数据）。 - 后端镜像按 Dockerfile 构建，Nginx 用官方镜像挂载 dist 与 nginx.conf。
- 访问
- 前端：http://localhost
- API（经 Nginx 代理）：http://localhost/api/health , /api/stats 等
- 常用命令
- 查看状态：
docker compose ps - 查看日志：
docker compose logs backend/docker compose logs db/docker compose logs frontend - 重启服务：
docker compose restart backend frontend（db 通常无需重启）
- 重置数据（谨慎，会删除数据库卷）
docker compose down -v
docker compose up -d# 1) 拉取代码
git clone https://github.com/wangyukai585/BioAlgoDB.git
cd BioAlgoDB
# 2) 构建前端
npm install
npm run build
# 3) 启动全栈（MySQL + 后端 + Nginx）
docker compose up -d
# 4) 访问
# 前端：http://localhost
# API 示例：http://localhost/api/health , http://localhost/api/stats首次启动若数据卷为空，会自动导入 db/init.sql。若需重置数据，可执行 docker compose down -v 后再 docker compose up -d。***