update what's forbidden/allowed

pdimens · Feb 19, 2025 · 529f8a1 · 529f8a1
1 parent 6a2e779
commit 529f8a1
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diff --git a/harpy/_cli_types_generic.py b/harpy/_cli_types_generic.py
@@ -97,8 +97,8 @@ class SnakemakeParams(click.ParamType):
     """A class for a click type which accepts snakemake parameters. Does validations to make sure there isn't doubling up."""
     name = "snakemake_params"
     def convert(self, value, param, ctx):
-        forbidden = "--rerun-incomplete --ri --show-failed-logs --rerun-triggers --nolock --software-deployment-method --smd --deployment --deployment-method --conda-prefix --cores -c --directory -d --snakefile -s --configfile --configfiles".split() 
-        available = "--profile --cache --jobs -j --local-cores --resources --res --set-threads --max-threads --set-resources --set-scatter --set-resource-scopes --default-resources --default-res --preemptible-rules --preemptible-retries --envvars --touch -t --keep-going -k --force -f --executor -e --forceall -F --forcerun -R --prioritize -P --batch --until -U --omit-from -O --shadow-prefixDIR --scheduler --wms-monitor --wms-monitor-arg --scheduler-ilp-solver --conda-base-path --no-subworkflows --nosw --precommand --groups --group-components --report --report-stylesheet --reporterPLUGIN --draft-notebook --edit-notebook --notebook-listen --lint --generate-unit-tests --containerize --export-cwl --list-rules --list -l --list-target-rules --lt --dag --rulegraph --filegraph --d3dag --summary -S --detailed-summary -D --archive --cleanup-metadata --cmFILE --cleanup-shadow --skip-script-cleanup --unlock --list-changes --lc --list-input-changes --li --list-params-changes --lp --list-untracked --lu --delete-all-output --delete-temp-output --keep-incomplete --drop-metadata --version -v --printshellcmds -p --debug-dag --nocolor --quiet -q --print-compilation --verbose --force-use-threads --allow-ambiguity -a --ignore-incomplete --ii --max-inventory-time --latency-wait --output-wait -w --wait-for-files --wait-for-files-file --queue-input-wait-time --notemp --nt --all-temp --unneeded-temp-files --keep-storage-local-copies --target-files-omit-workdir-adjustment --allowed-rules --max-jobs-per-timespan --max-jobs-per-second --max-status-checks-per-second --seconds-between-status-checks --retries --restart-times -T --wrapper-prefix --default-storage-provider --default-storage-prefix --local-storage-prefix --remote-job-local-storage-prefix --shared-fs-usage --scheduler-greediness --greediness --no-hooks --debug --runtime-profile --local-groupid --attempt --log-handler-script --log-service --job-deploy-sources --benchmark-extended --container-image --immediate-submit --is --jobscript --js --jobname --jn --flux --container-cleanup-images --use-conda --conda-not-block-search-path-envvars --list-conda-envs --conda-cleanup-envs --conda-cleanup-pkgs --conda-create-envs-only --conda-frontend --use-apptainer --use-singularity --apptainer-prefix --singularity-prefix --apptainer-args --singularity-args --use-envmodules --scheduler-solver-path --deploy-sources --target-jobs --mode --report-html-path --report-html-stylesheet-path".split()
+        forbidden = "--rerun-incomplete --ri --show-failed-logs --rerun-triggers --nolock --software-deployment-method --smd --deployment --deployment-method --conda-prefix --cores -c --directory -d --snakefile -s --configfile --configfiles --conda-cleanup-pkgs --apptainer-prefix --singularity-prefix".split() 
+        available = "--profile --cache --jobs -j --local-cores --resources --res --set-threads --max-threads --set-resources --set-scatter --set-resource-scopes --default-resources --default-res --preemptible-rules --preemptible-retries --envvars --touch -t --keep-going -k --force -f --executor -e --forceall -F --forcerun -R --prioritize -P --batch --until -U --omit-from -O --shadow-prefixDIR --scheduler --wms-monitor --wms-monitor-arg --scheduler-ilp-solver --conda-base-path --no-subworkflows --nosw --precommand --groups --group-components --report --report-stylesheet --reporterPLUGIN --draft-notebook --edit-notebook --notebook-listen --lint --generate-unit-tests --containerize --export-cwl --list-rules --list -l --list-target-rules --lt --dag --rulegraph --filegraph --d3dag --summary -S --detailed-summary -D --archive --cleanup-metadata --cmFILE --cleanup-shadow --skip-script-cleanup --unlock --list-changes --lc --list-input-changes --li --list-params-changes --lp --list-untracked --lu --delete-all-output --delete-temp-output --keep-incomplete --drop-metadata --version -v --printshellcmds -p --nocolor --print-compilation --force-use-threads --allow-ambiguity -a --ignore-incomplete --ii --max-inventory-time --latency-wait --output-wait -w --wait-for-files --wait-for-files-file --queue-input-wait-time --notemp --nt --all-temp --unneeded-temp-files --keep-storage-local-copies --target-files-omit-workdir-adjustment --allowed-rules --max-jobs-per-timespan --max-jobs-per-second --max-status-checks-per-second --seconds-between-status-checks --retries --restart-times -T --default-storage-provider --default-storage-prefix --local-storage-prefix --remote-job-local-storage-prefix --shared-fs-usage --scheduler-greediness --greediness --runtime-profile --local-groupid --attempt --log-handler-script --log-service --job-deploy-sources --benchmark-extended --container-image --immediate-submit --is --jobscript --js --jobname --jn --flux --container-cleanup-images --conda-not-block-search-path-envvars --conda-frontend --apptainer-args --singularity-args --use-envmodules --scheduler-solver-path --deploy-sources --target-jobs --mode --report-html-path --report-html-stylesheet-path".split()
         for i in value.split():
             if i.startswith("-"):
                 if i in forbidden: