Installation

Install with pip

pip install anarcii

Install with conda

conda install conda-forge::anarcii

Install from GitHub

Simply clone the repo into a clean environment with pip.

git clone git@github.com:oxpig/ANARCII.git

Then run install from the home directory.

cd ANARCII
pip install .

Check your installation

Check version.

anarcii --version

Test numbering in CPU mode.

anarcii --cpu DVVMTQTPLSLPVSLGDQASISCRSSQSLVHSNGNTYLNWYLQKAGQSPKLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGIYFCSQTTHVPPTFGGGTKLEIKR

Should return:

Using device CPU with 16 CPUs
 ID: Sequence
 Chain: K
 Score: 30.66537094116211
 Error: None
{'1': 'D', '2': 'V', '3': 'V', '4': 'M', '5': 'T', '6': 'Q', '7': 'T', '8': 'P', '9': 'L', '10': 'S', '11': 'L', '12': 'P', '13': 'V', '14': 'S', '15': 'L', '16': 'G', '17': 'D', '18': 'Q', '19': 'A', '20': 'S', '21': 'I', '22': 'S', '23': 'C', '24': 'R', '25': 'S', '26': 'S', '27': 'Q', '28': 'S', '29': 'L', '30': 'V', '31': 'H', '32': 'S', '33': '-', '34': 'N', '35': 'G', '36': 'N', '37': 'T', '38': 'Y', '39': 'L', '40': 'N', '41': 'W', '42': 'Y', '43': 'L', '44': 'Q', '45': 'K', '46': 'A', '47': 'G', '48': 'Q', '49': 'S', '50': 'P', '51': 'K', '52': 'L', '53': 'L', '54': 'I', '55': 'Y', '56': 'K', '57': 'V', '58': '-', '59': '-', '60': '-', '61': '-', '62': '-', '63': '-', '64': '-', '65': 'S', '66': 'N', '67': 'R', '68': 'F', '69': 'S', '70': 'G', '71': 'V', '72': 'P', '73': '-', '74': 'D', '75': 'R', '76': 'F', '77': 'S', '78': 'G', '79': 'S', '80': 'G', '81': '-', '82': '-', '83': 'S', '84': 'G', '85': 'T', '86': 'D', '87': 'F', '88': 'T', '89': 'L', '90': 'K', '91': 'I', '92': 'S', '93': 'R', '94': 'V', '95': 'E', '96': 'A', '97': 'E', '98': 'D', '99': 'L', '100': 'G', '101': 'I', '102': 'Y', '103': 'F', '104': 'C', '105': 'S', '106': 'Q', '107': 'T', '108': 'T', '109': 'H', '110': '-', '111': '-', '112': '-', '113': '-', '114': 'V', '115': 'P', '116': 'P', '117': 'T', '118': 'F', '119': 'G', '120': 'G', '121': 'G', '122': 'T', '123': 'K', '124': 'L', '125': 'E', '126': 'I', '127': 'K', '128': '-'}

If access to a GPU, remove the --cpu flag.

anarcii DVVMTQTPLSLPVSLGDQASISCRSSQSLVHSNGNTYLNWYLQKAGQSPKLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGIYFCSQTTHVPPTFGGGTKLEIKR

Confirm that torch has been installed correctly and a GPU is being used by inspecting the output which should look like this (depending on the number of available CPUs):

Using device CUDA with 12 CPUs
 ID: Sequence
 Chain: K
 Score: 30.66537094116211
 Error: None
{'1': 'D', '2': 'V', '3': 'V', '4': 'M', '5': 'T', '6': 'Q', '7': 'T', '8': 'P', '9': 'L', '10': 'S', '11': 'L', '12': 'P', '13': 'V', '14': 'S', '15': 'L', '16': 'G', '17': 'D', '18': 'Q', '19': 'A', '20': 'S', '21': 'I', '22': 'S', '23': 'C', '24': 'R', '25': 'S', '26': 'S', '27': 'Q', '28': 'S', '29': 'L', '30': 'V', '31': 'H', '32': 'S', '33': '-', '34': 'N', '35': 'G', '36': 'N', '37': 'T', '38': 'Y', '39': 'L', '40': 'N', '41': 'W', '42': 'Y', '43': 'L', '44': 'Q', '45': 'K', '46': 'A', '47': 'G', '48': 'Q', '49': 'S', '50': 'P', '51': 'K', '52': 'L', '53': 'L', '54': 'I', '55': 'Y', '56': 'K', '57': 'V', '58': '-', '59': '-', '60': '-', '61': '-', '62': '-', '63': '-', '64': '-', '65': 'S', '66': 'N', '67': 'R', '68': 'F', '69': 'S', '70': 'G', '71': 'V', '72': 'P', '73': '-', '74': 'D', '75': 'R', '76': 'F', '77': 'S', '78': 'G', '79': 'S', '80': 'G', '81': '-', '82': '-', '83': 'S', '84': 'G', '85': 'T', '86': 'D', '87': 'F', '88': 'T', '89': 'L', '90': 'K', '91': 'I', '92': 'S', '93': 'R', '94': 'V', '95': 'E', '96': 'A', '97': 'E', '98': 'D', '99': 'L', '100': 'G', '101': 'I', '102': 'Y', '103': 'F', '104': 'C', '105': 'S', '106': 'Q', '107': 'T', '108': 'T', '109': 'H', '110': '-', '111': '-', '112': '-', '113': '-', '114': 'V', '115': 'P', '116': 'P', '117': 'T', '118': 'F', '119': 'G', '120': 'G', '121': 'G', '122': 'T', '123': 'K', '124': 'L', '125': 'E', '126': 'I', '127': 'K', '128': '-'}