클라우드 바이오 : 클라우드 서비스를 골라서 활용하는 바이오인포메틱스. 클라우드 유목민이 되자.~~

스터디 정보

저희 모임은 강의식이 아닌 자신이 스스로 공부한 내용을 여러 사람과 공유하는 스터디 방식이며, 스스로 공부하고자 하는 열정을 꼭 준비물로 가지고 와 주시고, 열심히 발표를 해주시면 더욱 감사합니다.

후원사

KossLab : http://devlab.oss.kr/

공유폴더

https://drive.google.com/drive/u/0/folders/0B6bSLTlVnagfbjBEVFNyb2d2dms

교재 정보

1. 클라우드 서비스

   • 아마존웹서비스 : https://aws.amazon.com/ko/start-now/
   • MS 애저 : https://azure.microsoft.com/ko-kr/training/free-online-courses/
   • 구글 클라우드 : https://cloud.google.com/compute/docs/how-to

2. 도커

   • 가장 빨리 만나는 Docker : http://pyrasis.com/book/DockerForTheReallyImpatient/
   • 바이오 도커 실습
     • http://biocontainers.pro/docs/101/intro/
     • https://github.com/LabAdvComp/rna-seq-docker
     • GUI docker : https://github.com/BioDepot/GUIdock-VNC

3. 베이지안과 강화학습

   • 베이즈통계학 입문 : http://www.kyobobook.co.kr/product/detailViewKor.laf?mallGb=KOR&ejkGb=KOR&linkClass=130321&barcode=9788965022718&orderClick=
   • 베이지안 통계 : 방통대 교재 ( 발표자에게 PPT 제공 )
   • 모두를 위한 RL강좌 : https://www.youtube.com/watch?v=dZ4vw6v3LcA&list=PLlMkM4tgfjnKsCWav-Z2F-MMFRx-2gMGG&index=1

4. 논문읽기 모임

   • PR12 딥러닝 : https://www.youtube.com/playlist?list=PLlMkM4tgfjnJhhd4wn5aj8fVTYJwIpWkS
   • 딥바이오 논문 : https://github.com/gokceneraslan/awesome-deepbio

차후 스터디

• 숭실대학교 김상수 교수님 강의 동영상 유트브 채널 : https://www.youtube.com/user/sskimbio
• R좀R려줘( 기본기부터 탄탄하게 배우는 R ) : http://www.yes24.com/24/goods/55227627 => 저자 2회 특강
• PR12 딥러닝 : https://www.youtube.com/playlist?list=PLlMkM4tgfjnJhhd4wn5aj8fVTYJwIpWkS
• 딥바이오 논문 : https://github.com/gokceneraslan/awesome-deepbio

장소

1. 장소: 토즈 신촌 본점 ( http://www.toz.co.kr/branch/main/index.htm?id=5 )
2. 매주 화요일, 저녁 7시 30분~10시
3. 시작: 2017년09월 05일

이전 스터디 자료

• 모두의 바이오 : https://github.com/biospin/all_bio
• 알바이오플러스 : https://github.com/biospin/R_Bio_Plus
• 알바이오 : https://github.com/biospin/R_Bio
• 빅바이오 : https://github.com/biospin/BigBio
• 딥바이오 : https://github.com/biospin/DeepBio

Schedule

Part 1.

seq.	날짜	내용
1	2017. 9. 5	(클라우드 서비스)아마존웹서비스 :10분 자습서(Linux VM 시작, 파일 저장및 검색)(이승우)
		(도커 ) 가장 빨리 만나는 Docker : 1장 ~ 2장(임승빈)
		(베이지안) 베이즈통계학 입문 : 제1강 ~ 제2강 베이즈 추정은 때로 직감에 크게 반한다(지용기)
2	2017. 9.12	(클라우드 서비스) MS 애저 : "Microsoft Azure에서의 인프라 관리 - 시작" 과 "Microsoft Azure Virtual Machines 시작"
		(도커 ) 가장 빨리 만나는 Docker : 3장 ~ 4장 : Docker 이미지 생성하기
		(베이지안) 베이지안 통계 : 1장. 결정이론의 틀 (1)
3	2017. 9.19	(클라우드 서비스) 구글 클라우드 : "Creating and Starting an Instance" 와 "Connecting to Linux Instances"
		(도커 ) 가장 빨리 만나는 Docker : 5장 ~ 6장 : Docker 좀더 활용하기
		(베이지안) 베이즈통계학 입문 : 제3강 ~ 제4강 ‘확률의 확률’을 사용하여 추정의 폭을 넓힌다
4	2017. 9.26	(도커 ) 가장 빨리 만나는 Docker : 7장 ~ 8장 : Docker로 애플리케이션 배포하기
		(베이지안) 베이지안 통계 : 2장.결정이론의 틀 (2)
		(논문읽기 모임) 관심 있는 논문 읽기

Part 2.

seq.	날짜	내용
1	2017.10.10	(도커 ) 가장 빨리 만나는 Docker : 7장 ~ 8장 : Docker로 애플리케이션 배포하기
		(베이지안) 베이즈통계학 입문 : 제5강 ~ 제6강 명쾌하고 엄밀하지만 쓸 데가 한정된
		(베이지안) 모두를 위한 RL강좌 : 1장 ~ 2장 : Playing OpenAI GYM Games
2	2017.10.17	(도커 ) 가장 빨리 만나는 Docker : 9장 ~ 10장 : Amazon Web Services에서 Docker 사용하기
		(베이지안) 베이지안 통계 : 3장.베이지안 추론 I : 사후분포
		(논문읽기 모임) 관심 있는 논문 읽기
3	2017.10.24	(도커 ) 가장 빨리 만나는 Docker : 11장 ~ 12장 : Microsoft Azure에서 Docker 사용하기
		(베이지안) 베이즈통계학 입문 : 7강 ~ 제8강 베이즈 추정은 ‘최우원리’에 근거해 있다
		(논문읽기 모임) 관심 있는 논문 읽기(라가영), 논문원문
4	2017.10.31	(도커 ) 가장 빨리 만나는 Docker : 13장 ~ 14장 : Docker Remote API 사용하기(지용기)
		(베이지안) 베이지안 통계 : 4장. 베이지안 추론 II : 추정과 가설검정
		(베이지안) 모두를 위한 RL강좌 : 3장 : Dummy Q-learning (table)

Part 3.

seq.	날짜	내용
1	2017.11. 7	(베이지안) 베이지안 통계 : 5장. R의 소개와 이항모형 실습
		(베이지안) TCGA의 유방암 데이터 수집과 전처리, EDA(지용기)
		(베이지안) 모두를 위한 RL강좌 : 4장 : Q-learning (table) exploit&exploration and discounted (박지혜)
2	2017.11.14	(도커 ) 가장 빨리 만나는 Docker : 15장 : CoreOS 사용하기
		(베이지안) 베이즈통계학 입문 : 제12강 베이즈 추정에서는 정보를 순차적으로 사용할 수 있다, 제13강 베이즈 추정은 정보를 얻을수록 더 정확해진다(지용기)
		(논문읽기 모임) 관심 있는 논문 읽기(라가영)
3	2017.11.21	(도커 ) 가장 빨리 만나는 Docker : 19장 : Docker 활용 시나리오
		(베이지안) 베이즈통계학 입문 : 11강 ~ 제12강 베이즈 추정에서는 정보를 순차적으로 사용할 수 있다
		(베이지안) 모두를 위한 RL강좌 : 5장 : Q-learning on Nondeterministic Worlds!
4	2017.11.28	(도커 ) 바이오 도커 실습 : http://biocontainers.pro/docs/101/intro/ 에서 Basic
		(베이지안) 베이지안 통계 : 6장. 베이지안 추론 III : 정규모형
		(논문읽기 모임) 관심 있는 논문 읽기

Part 4.

seq.	날짜	내용
1	2017.12. 5	(도커 ) 바이오 도커 실습 : http://biocontainers.pro/docs/101/intro/ 에서 Developer tutorial과 Containers Examples
		(베이지안) 베이즈통계학 입문 : 제13강 ~ 제14강 ‘확률’은 ‘면적’과 동일한 성질을 지닌다
		(베이지안) 모두를 위한 RL강좌 : 6장 : Q-Network
2	2017.12.12	(도커 ) 바이오 도커 실습 : https://github.com/LabAdvComp/rna-seq-docker : 다른 실습으로 대체 가능함
		(베이지안) 베이지안 통계 : 8장. 몬테카를로 방법
		(논문읽기 모임) 관심 있는 논문 읽기
3	2017.12.19	(도커 ) 바이오 도커 실습 : GUI docker : https://github.com/BioDepot/GUIdock-VNC : 다른 실습으로 대체 가능함
		(베이지안) 베이즈통계학 입문 : 15강 ~ 16강 더 범용적인 추정을 위한 ‘확률분포도’
		(베이지안) 모두를 위한 RL강좌 : 7장 : DQN
4	2018. 1. 2	(도커 ) 바이오 도커 실습 : 실습 ???????????
		(베이지안) 베이지안 통계 : 9장. 깁스샘플링
		(논문읽기 모임) 관심 있는 논문 읽기

Part 5.

seq.	날짜	내용
1	2018. 1. 9	(도커 ) 바이오 도커 실습 : 실습 ???????????
		(베이지안) 베이즈통계학 입문 : 제 17강 ~ 18강 확률분포의 성격을 결정짓는 ‘기대치’
		(베이지안) 베이지안 통계 : 9장. 깁스샘플링
2	2018. 1.16	(도커 ) 바이오 도커 실습 : 실습 ???????????
		(베이지안) 베이즈통계학 입문 : 제9강 베이즈 추정은 때로 직감에 크게 반한다
		(베이지안) 베이지안 통계 : 10장. 선형모형
3	2018. 1.23	(도커 ) 바이오 도커 실습 : 실습 ???????????
		(베이지안) 베이즈통계학 입문 : 제19강 확률분포도를 사용한 고도의 추정①
		(베이지안) 베이지안 통계 : 11장. 일반화 선형회귀모형과 R 실습
4	2018. 1.30	(도커 ) 바이오 도커 실습 : 실습 ???????????
		(베이지안) 베이즈통계학 입문 : 제20강 동전 던지기나 천체 관측에서 관찰되는
		(베이지안) 베이지안 통계 : 12장. 시계열 잔차 선형회귀모형과 R실습
5	2018. 2. 6	(도커 ) 바이오 도커 실습 : 실습 ???????????
		(베이지안) 베이즈통계학 입문 : 제21강 확률분포도를 사용한 고도의 추정②
		(베이지안) 베이지안 통계 : 13장. 혼합효과 선형회귀모형과 R실습