fix(naga): 新版NagaAgent回调端口与逻辑

[69gg]

摘要

• 重构 NagaStore，按 bind_uuid 管理当前绑定、绑定历史、终态请求和 in-flight delivery，修复绑定/解绑/发送之间的竞态问题
• 补齐幂等语义：重复 bind、重复回调、重复解绑都不会再误伤新一代绑定；远端提交失败时保留 pending 并复用同一个 bind_uuid 重试
• 修正 /naga 的可见性条件，以及 OpenAPI 中 Naga 路由的暴露条件和鉴权声明

验证

• uv run pytest tests/test_naga_store.py tests/test_naga_command.py tests/test_runtime_api_naga.py
• uv run pytest tests/test_runtime_api_tool_invoke.py::test_openapi_spec_includes_tool_invoke_paths
• uv run ruff check src/Undefined/api/naga_store.py src/Undefined/api/app.py src/Undefined/skills/commands/naga/handler.py src/Undefined/skills/commands/naga/policy.py tests/test_naga_store.py tests/test_naga_command.py tests/test_runtime_api_naga.py
• pre-commit hook：ruff format --check、ruff check、mypy

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