DeepMet2.0

代谢物数据库管理系统 - 存储、浏览和搜索代谢物数据，支持从 AllCCS 在线爬取数据。

功能特点

• 📊 代谢物浏览 - 分页浏览、分类筛选、关键词搜索
• 🔍 精确搜索 - 按分子式、精确质量（支持容差）搜索
• 🕷️ 数据爬取 - 从 AllCCS 数据库在线爬取代谢物数据
• 🗄️ 数据管理 - 批量删除、全部清空

快速开始

环境要求

• Docker Desktop
• Docker Compose

一键启动

# Windows
start.bat

# Linux / macOS
docker compose up -d --build

启动后访问：

• 前端界面: http://localhost:5173
• 后端 API: http://localhost:8000
• API 文档: http://localhost:8000/docs

停止服务

# Windows
stop.bat

# Linux / macOS
docker compose down

使用说明

1. 浏览代谢物

访问 http://localhost:5173 进入主页，可以：

• 按分类（Superclass/Class/Subclass）筛选
• 搜索代谢物名称
• 点击查看详情和分子结构

2. 搜索功能

• 按分子式搜索: 输入如 C6H12O6
• 按精确质量搜索: 输入质量值和容差（ppm）

3. 数据爬取

访问 http://localhost:5173/admin 进入管理页面：

1. 设置爬取数量（最多 10000 条/次）
2. 点击"开始爬取"
3. 查看实时进度
4. 数据来源: AllCCS

4. 数据管理

在管理页面可以：

• 搜索和浏览已有数据
• 选择并批量删除
• 清空全部数据

技术栈

组件	技术
后端	FastAPI + SQLAlchemy (async) + PostgreSQL
前端	Vue 3 + TypeScript + Element Plus
部署	Docker Compose

项目结构

DeepMet2.0/
├── backend/          # FastAPI 后端
│   ├── app/
│   │   ├── api/      # API 路由
│   │   ├── models/   # 数据模型
│   │   ├── schemas/  # Pydantic 模式
│   │   └── services/ # 业务逻辑
│   └── alembic/      # 数据库迁移
├── frontend/         # Vue 3 前端
│   └── src/
│       ├── api/      # API 客户端
│       ├── views/    # 页面组件
│       └── components/
├── docker-compose.yml
├── start.bat         # Windows 启动脚本
└── stop.bat          # Windows 停止脚本

API 接口

代谢物

方法	路径	说明
GET	/api/metabolites	分页获取列表
GET	/api/metabolites/{id}	获取详情
GET	/api/metabolites/search/mass	按质量搜索
GET	/api/metabolites/search/formula	按分子式搜索
DELETE	/api/metabolites/{id}	删除单条
POST	/api/metabolites/batch-delete	批量删除

爬虫管理

方法	路径	说明
POST	/api/scraper/start	开始爬取
GET	/api/scraper/status	获取进度
GET	/api/scraper/stats	数据统计
DELETE	/api/scraper/data	清空数据

常见问题

端口被占用

修改 docker-compose.yml 中的端口映射：

ports:
  - "其他端口:5173"  # 前端
  - "其他端口:8000"  # 后端

数据持久化

数据库数据保存在 Docker volume postgres_data 中，删除容器不会丢失数据。

清除所有数据：

docker compose down -v

License

MIT