- 官方文档: https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/index.html
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- 源代码：https://github.com/afni/afni](https://github.com/afni/afni
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- 3dAutoTcorrelate计算fMRI数据任意两个体素之间的相关系数。
- 3dAutomask生成mask文件，比如估计fMRI图像的全脑mask。
- 3dbandpass对fMRI数据进行滤波。
- 3dBlurInMask对fMRI数据进行空间平滑并将平滑限制在mask内部。
- 3dDespike去除fMRI数据中的离群值。
- 3dDegreeCentrality计算fMRI数据的中心度指标。
- 3dDetrend去除fMRI数据中特定形式的信号，比如线性趋势。
- 3dMean计算所有数据在每个体素上的均值。
- 3dNetCorr计算感兴趣区之间的相关矩阵。
- 3dOverlap计算多个数据之间重叠非零体素的数量。
- 3dROIstats计算ROI上的指标，比如均值、标准差等。
- 3dRSFC计算fMRI数据ALFF/fALFF等指标。
- 3dReHo计算fMRI数据ReHo指标。
- 3dSkullStrip对sMRI数据进行脑提取。
- 3dTcat将多个数据连接起来形成一个4D数据。
- 3dTcorrMap计算fMRI数据每个体素与其它体素的相关系数。
- 3dTcorr1D计算fMRI数据每个体素与一个或多个时间序列的相关系数。
- 3dTcorrelate计算两个fMRI数据对应体素的相关系数。
- 3dToutcount计算fMRI数据离群点的数量。
- 3dTproject去除fMRI数据中特定形式的信号，包括滤波。
- 3dTshift进行时间层校正。
- 3dTsplit4D将4D文件分离成多个3D文件。
- 3dTstat计算4D数据每个体素上的统计值。
- 3dcalc对每个体素分别进行各种计算操作。
- 3ddot计算任意两个体积的空间。
- 3dinfo输出头文件信息。
- 3dmask_tool对mask进行各种操作。
- 3dmaskave计算mask内所有体素的均值。
- 3dresample对图像进行重采样。
- 3dvolreg将fMRI数据配准到某个图像上，用于头动校正。