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XTRACT

构建方法

  1. 使用HCP的DWI数据,包含1021名被试;
  2. 在MNI152空间手动定义了42条纤维束的seed/target/waypoint/exclusion/stop masks(位于白质内);
  3. 将MNI152空间的masks转换到每个被试的个体空间;
  4. 使用概率纤维束追踪方法(FSL的bedpostx和probtrackx2)获得每条纤维束的空间分布图(每个体素的值表示有多少比例的streamline穿过该体素);
  5. 将个体空间的每条纤维束转换到MNI152空间,二值化后(阈值为0.5%)再平均,得到每条纤维束的被试分布图(每个体素的值表示有多少比例被试的纤维束包含该体素);
  6. 根据最大概率的原则得到最终的纤维束模板(hard segmentation)。

下载地址

其他

  • 除了HCP被试的版本,还包含UK Biobank的版本(被试量1000)。
  • 除了阈值为0.5%的版本,还包含0.1%的版本。
  • 除了人脑的白质纤维束,还包含猴脑的版本。
  • 除了模板,FSL中还包含了XTRACT的工具包,可以使用相同的方法在新的数据中重建纤维束。
  • 提供了每条纤维束在灰白质边界的结束位置的皮层文件(Connectivity blueprints),即每条纤维束从哪里进入皮层灰质 。

参考

  • Warrington, S., Bryant, K. L., Khrapitchev, A. A., Sallet, J., Charquero-Ballester, M., Douaud, G., Jbabdi, S., Mars, R. B., & Sotiropoulos, S. N. (2020). XTRACT - Standardised protocols for automated tractography in the human and macaque brain. NeuroImage, 217, 116923. https://doi.org/10.1016/j.neuroimage.2020.116923