notes.txt

Windows:
python main.py -e ./data\scoring_matrix\blosum62.csv -d ./data\database\Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.16.fa -k 5 -t 20 --delimiter ';'

Ubuntu:
python3 main.py -e ./data/scoring_matrix/blosum62.csv -d ./data/database/Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.16.fa -k 5 -t 20 --delimiter ';'
./blast.sh -e ./data/scoring_matrix/blosum62.csv -d ./data/database/Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.16.fa -k 5 -t 20 --delimiter ';'
./blast.sh -e ./data/scoring_matrix/BLAST.csv -d ./data/database/Homo_sapiens.GRCh38.dna_sm.chromosome.16.fa -k 8 -t 40 -q actcttctggtccccacagactcagagagaacccaccatggtgctgtctcctgccgacaagaccaacgtcaaggccgcctggggtaaggtcggcgcgcacgctggcgagtatggtgcggaggccctggagaggtgaggctccctcccctgctccgacccgggctcctcgcccgcccggacccacaggccaccctcaaccgtcctggccccggacccaaaccccacccctcactctgcttctccccgcaggatgttcctgtccttccccaccaccaagacctacttcccgcacttcgacctgagccacggctctgcccaggttaagggccacggcaagaaggtggccgacgcgctgaccaacgccgtggcgcacgtggacgacatgcccaacgcgctgtccgccctgagcgacctgcacgcgcacaagcttcgggtggacccggtcaacttcaaggtgagcggcgggccgggagcgatctgggtcgaggggcgagatggcgccttcctcgcagggcagaggatcacgcgggttgcgggaggtgtagcgcaggcggcggctgcgggcctgggccctcggccccactgaccctcttctctgcacagctcctaagccactgcctgctggtgaccctggccgcccacctccccgccgagttcacccctgcggtgcacgcctccctggacaagttcctggcttctgtgagcaccgtgctgacctccaaataccgttaagctggagcctcggtggccatgcttcttgccccttgggcctccccccagcccctcctccccttcctgcacccgtacccccgtggtctttgaataaagtctgagtgggcggca

./blast.sh -e ./data/scoring_matrix/blosum62.csv -d ./data/database/test.fa -k 3 -t 15 -q IHNWALN --delimiter ';'


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