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Google Colab で MediSeg.AI を動かす

Google Colaboratory の無料GPUで、MediSeg.AI のデモ・Web GUI・学習を実行する手順です。

  • 学習(訓練)を Colab で行う: COLAB_TRAINING_GUIDE.md に具体的な手順とデータセットのダウンロード可否をまとめています。

1. ノートブックを開く

  • GitHub から: リポジトリの MediSeg_AI_Colab.ipynb を開き、「Open in Colab」 をクリックするか、
  • Colab にアップロード: Google Colab にログインし、MediSeg_AI_Colab.ipynb をアップロードして開く。

2. 最小手順(とりあえず動かす)

  1. ランタイム > ランタイムのタイプを変更GPU を選択(任意・推奨)。
  2. セル 1(クローン): REPO_URL自分のリポジトリURL に書き換える(フォークした場合はそのURL)。
    例: https://github.com/あなたのユーザー名/MediSeg-AI.git
  3. セル 2(クローン実行) を実行 → リポジトリが /content/MediSeg-AI にクローンされる。
  4. セル 3(セットアップ) を実行 → pip install とディレクトリ作成が行われる。
  5. セル 4(Web GUI 起動) を実行 → 表示された URL(http://127.0.0.1:8080 または ngrok のURL)をブラウザで開く。

注意: Web GUI を表示しているセルは 実行し続けたまま にしておく必要があります。セル実行を止めるとサーバーも止まります。


3. よく使う操作

デモの実行(データ不要)

ノートブック内の「学習を実行する」セルで次を実行します。

!python main.py demo

学習の実行(合成データ)

  1. 合成データを生成してから train-medical を実行します。
from mediseg_ai.data_loaders.real_datasets import RealDatasetDownloader
d = RealDatasetDownloader(data_dir="/content/MediSeg-AI/data")
d.download_dataset("medical_small")
!python main.py train-medical --data-dir /content/MediSeg-AI/data/medical_small --save-dir /content/MediSeg-AI/results

外部から Web GUI にアクセス(ngrok)

  • ngrok で無料アカウントを作成し、認証トークン を取得する。
  • ノートブックの「ngrok認証トークンの設定」セルで NGROK_TOKEN = "あなたのトークン" を設定する。
  • Web GUI 起動セルを実行すると、ngrok の公開URLが表示される。

4. トラブルシューティング

現象 対処
ModuleNotFoundError: No module named 'backend' セル 3 で sys.path.insert(0, REPO_DIR)!python colab_setup.py を実行したか確認。先にセル 2・3 を順に実行する。
GPU が使えない ランタイム > ランタイムのタイプを変更 > GPU を選び、ランタイムを再起動する。
Web GUI の URL にアクセスできない Colab 上では「プレビュー」リンクを使うか、ngrok トークンを設定して表示された公開URLを使う。
セッションが切れた 無料枠は約12時間でタイムアウトします。必要なファイルは Google Drive に保存しておく。

5. 関連ドキュメント