[Bug]: Integration setup overwrites enabled Preset Skills without reconciliation

[bigsmartben]

问题摘要

Preset 并非“未启用”。Integration 的 core setup 会重写 Agent 命令或 Skill，而随后没有重新执行已启用 Preset 的投影（projection），导致 Preset registry 仍为 enabled: true，但实际 Agent 文件已经回退为 Core 版本。

Core Integration setup
        ↓
Extension command registration
        ↓
（缺失）Active Preset reconciliation
        ↓
Registry 与实际 Agent artifact 不一致

根因

1. Integration setup 会从核心 command templates 重写目标 Agent 的命令文件或 SKILL.md。
2. integration install/use/switch/upgrade/uninstall 完成后只更新 Integration/Extension 状态，没有重新解析完整 Preset Resolver 栈。
3. 二次 init 遇到已登记 Preset 时会跳过安装，因此 Core setup 的覆盖不会被修复。
4. Init 会把最终 Preset 字节记录进 Integration manifest；之后 upgrade 不会把这些文件视为用户修改，却会静默覆盖成 Core 内容。
5. 切换或卸载旧 Active Integration 时，Preset 的 Agent 注册元数据和来源匹配的 Skill 没有可靠清理；原清理路径还存在错误的相对导入，导致清理静默跳过。

实际影响范围

Integration 与输出格式

当前 34 个注册 Integration 都可能受影响，不是 Codex 特例。

输出类型	数量	动态复现代表	二次 Init 基线结果
Skill	13	Codex	workflow-preset 标记消失，Skill 来源回退为 Core
Markdown	17	Amp	组合内容被核心 Markdown 覆盖
TOML	2	Gemini	TOML prompt 回退为核心内容
YAML	1	Goose	YAML recipe prompt 回退为核心内容
Generic / 自定义	1	Copilot	.agent.md 回退为核心内容

五种代表格式均已做实际的“首次 Init → 二次 Init”动态复现，而非仅静态推断。

当前仓库 Preset

Preset	直接影响
workflow-preset	8 个核心命令：7 个 wrap、1 个 replace，会丢失 Phase 0、BDD/行为门禁和 handoff 编排
lean	5 个核心命令替换可能被 Core setup 重写
self-test	speckit.specify 核心覆盖会被重写；Preset-only 命令本身不属于 Core setup 的直接覆盖目标
scaffold	示例同时覆盖 Core 与 Extension 命令，暴露相同的生命周期与优先级风险

生命周期入口

受影响入口包括：

• 重复 specify init
• Active Integration upgrade
• integration use
• integration switch（已安装目标和新目标两条路径）
• 首次 Active integration install
• secondary Integration install 后共享目录保护
• 卸载 Active Integration 后选择 fallback Integration
• Extension upgrade/use/switch 重新注册命令后，Preset 对 Extension 命令的高优先级包装

不直接受影响

纯文档模板通过 Resolver 动态解析，不会被 Integration setup 直接覆盖；但依赖核心命令内容的 .composed 命令仍需重新计算。

修复方案（Active-only）

本修复采用 Active Integration 自动协调，不新增 specify preset reconcile 公共 CLI。

PresetManager

新增内部公共接口 reconcile_enabled_presets_for_active_agent()：

• 只处理 init-options 中的 Active Integration；
• 按优先级枚举全部 enabled Preset，收集并去重 command；
• 从完整 Resolver 栈重新计算 winner，保留 Core、Extension、Preset、Project override、alias 与 replace/wrap/prepend/append 语义；
• 必要时重新生成 .composed 文件；
• 非 Skill Agent 只写 Active Agent 的对应格式；
• Skill Agent 复用现有 Skill reconciliation，保留 metadata.source: preset:<id>、参数提示、命令引用与 Integration post-processing；
• 更新 Active Agent 的 registered_commands / registered_skills；
• 单命令失败发出明确 warning，并继续协调其他命令；
• disabled Preset 不参与，无 Active Agent/无 Preset 时无副作用。

现有“计算有效命令”与“写入所有检测到 Agent”逻辑已拆开：生命周期修复使用 Active-only；Preset install/remove 保持原来的多 Agent 行为。

固定生命周期顺序

Core setup
   → Extension registration
      → Active Preset reconciliation
         → refresh active Integration manifest hashes

已接入：

• specify init
• integration install
• integration use
• integration switch（同目标强制刷新、已安装目标、新目标）
• integration upgrade
• integration uninstall fallback

切换或移除旧 Active Integration 时，会先清理该 Agent 的 Preset 注册元数据与来源匹配的 Skill；新 Active Agent 随后重新投影。

Manifest

IntegrationManifest.refresh_existing_hashes() 只刷新 manifest 已跟踪且仍存在的文件：

• 记录最终 Preset 投影字节，避免下一次 upgrade 误判为用户修改；
• 不把 Preset-only 或 Extension-only 文件纳入 Integration manifest；
• Preset install/remove 与生命周期自动协调后都会刷新 Active Integration 的最终哈希。

验收结果

新增或扩展回归覆盖：

• 五种格式参数化二次 Init：Codex、Amp、Gemini、Goose、Copilot；
• Active upgrade，且连续两次 upgrade 均无需 --force；
• use、两种 switch、首次 Active install、secondary install、uninstall fallback；
• workflow-preset 的 wrap/replace；
• lean replace；
• self-test 核心覆盖；
• 模拟 scaffold 的 Extension command 覆盖，验证 Extension 注册后仍由 Preset 获胜；
• 多 Preset 优先级、disabled Preset、Project override、alias；
• 损坏 Preset warning-and-continue 与无 enabled Preset no-op；
• Integration manifest 哈希等于最终 Active Preset 文件；
• 旧 Active Agent 注册元数据清理。

使用当前 worktree 专属 .venv 分组运行完整测试集：

3961 collected
3873 passed
88 skipped（平台/环境条件跳过）
0 failed

实现提交：923518089bcbd726e306922c815f0b3ddfd42894（本地分支 fix/62-preset-integration-reconcile）。

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Updated on behalf of @bigsmartben by Codex (model: GPT-5), acting autonomously. The implementation, tests, commit, and this issue update were agent-generated.