diff --git a/Makefile b/Makefile
index 943c7a1f9..7576d9bfe 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -165,23 +165,23 @@ NEKRS_INCLUDES := \
 	-I$(NEKRS_DIR)/src/bench/fdm \
 	-I$(NEKRS_DIR)/src/cds \
 	-I$(NEKRS_DIR)/src/core \
-	-I$(NEKRS_DIR)/src/elliptic \
-	-I$(NEKRS_DIR)/src/elliptic/amgSolver \
-	-I$(NEKRS_DIR)/src/elliptic/amgSolver/amgx \
-	-I$(NEKRS_DIR)/src/elliptic/amgSolver/hypre \
-	-I$(NEKRS_DIR)/src/elliptic/amgSolver/parAlmond \
-	-I$(NEKRS_DIR)/src/elliptic/linearSolver \
+	-I$(NEKRS_DIR)/src/findpts \
 	-I$(NEKRS_DIR)/src/io \
 	-I$(NEKRS_DIR)/src/lib \
 	-I$(NEKRS_DIR)/src/linAlg \
 	-I$(NEKRS_DIR)/src/mesh \
 	-I$(NEKRS_DIR)/src/navierStokes \
 	-I$(NEKRS_DIR)/src/nekInterface \
+	-I$(NEKRS_DIR)/src/neknek \
 	-I$(NEKRS_DIR)/src/plugins \
+	-I$(NEKRS_DIR)/src/pointInterpolation \
 	-I$(NEKRS_DIR)/src/postProcessing \
 	-I$(NEKRS_DIR)/src/regularization \
 	-I$(NEKRS_DIR)/src/setup \
-	-I$(NEKRS_DIR)/src/timeStepper \
+	-I$(NEKRS_DIR)/src/solvers/cvode \
+	-I$(NEKRS_DIR)/src/solvers/elliptic \
+	-I$(NEKRS_DIR)/src/solvers/elliptic/linearSolver \
+	-I$(NEKRS_DIR)/src/solvers/elliptic/MG \
 	-I$(NEKRS_DIR)/src/udf \
 	-I$(NEKRS_DIR)/src/utils \
 	-I$(NEKRS_INSTALL_DIR)/gatherScatter \