MI-Lab-CSV-FHIR-transformation

Requirements: Docker mit Docker-compose, Java mit Webstart Unterstützung, z.B. Oracle Java 8

Docker Installation

Docker Desktop

Docker Desktop Download (Windows) Für andere Betriebssysteme siehe Docker Wichtig: Die Installation startet einmal den Rechner neu

1. Configuration
2. Ohne Anmeldung fortfahren Klicke "Skip" um ohne Anmeldung Docker Desktop zu benutzen
3. Installation abgeschlossen

Mirth-connect mit Docker

Docker Netzwerk Struktur. Folgende Container sind nach dem Starten von Docker-compose (siehe Schritte unten) online:

Container	Ports	Volumes
Mirth-Connect	8080, 8443	Ordner: /Setup/mirth-connect/
Mirth-Connect Database	5434
Hapi FHIR	8090
Hapi FHIR Database	5433
ClinFHIR	8000

Wichtig: Docker Desktop muss gestartet sein damit mit Docker gearbeitet werden kann.

1. Clone GitHub Repository in neuen Ordner: git clone https://github.com/IMISE/MI-Lab-CSV-FHIR-transformation.git
2. Navigiere zum root Ordner "MI-Lab-CSV-FHIR-transformation" mit der Datei "docker-compose.yml"
3. Öffne den Terminal in diesem Ordner
4. Führe den Befehl docker-compose up -d aus Das zieht alle Docker images von einem Server. Der Download dauert ca. 5 min. In Docker Desktop sieht es dann folgendermaßen aus: Dann wurden folgende Container im Docker-compose Netzwerk gestartet:
   • Mirth Connect mit eigener Postgres Datenbank
   • Hapi FHIR Server mit eigener Postgres Datenbank

Mirth-connect Installation

1. Im Browser ´localhost:8080´ aufrufen Oder über Docker Desktop aufrufen siehe:
2. Klicke "Launch Mirt Connect Administrator“ Das lädt einen Java Webstart herunter. Dann diesen ausführen um Mirth-connect zu installieren:

Mirth-Connect Ordnerstruktur

In der Übung soll Mirth-Connect auf die CSV-Dateien in einem definierten Ordner zugreifen und diese einlesen. Da Mirth-Connect abgekapselt in einem Docker Container läuft, wurde ein Ordner im Container auf einen lokalen Ordner gemappt. Weitere Informationen dazu sind in der Docker Dokumentation zu .

Docker Container Ordner: /opt/connect/appdata

Lokaler Ordner: /Setup/mirth-connect

Nur Dateien und Unterordner in dem Ordner /Setup/mirth-connect werden von Mirth-Connect erkannt.